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Minakata entrevoit l'idée d'une universalité, pose les fondements d'une pensée écologique bien au-delà d'une simple "protection de la nature pour la nature" mais d'une véritable « écologie sociale » et « spirituelle ». Sa quête d'une synthèse entre science occidentale et pensée orientale s'inscrit dans cette période de fortes transformations politiques, sociales et industrielles qui marquent l'ère Meiji. Son champ d'étude, qui s'étend du comportement des myxomycètes à l'étude du folklore comparatif entre nations. Derrière la personnalité excentrique de Minakata se dissimule un encyclopédiste dont les réflexions sont très en avance sur son temps.

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