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Si la philosophie pose des questions éternelles, l'évolution rapide de la science nécessite souvent qu'elles soient formulées différemment et peut restreindre le champ des réponses possibles. L'auteur étudie les grands problèmes, que la physique et les sciences de la vie peuvent poser aujourd'hui au « critique scientifique » (une évaluation de leurs apports et de leurs faiblesses), à l'épistémologue (une réflexion sur des thèmes méthodologiques, comme le réductionnisme ou les critères de valeur d'une théorie scientifique), puis au philosophe. Il se voudrait exhaustif et cohérent. Il conclut par sa propre « philosophie de la nature », très dégagée de l'empirisme logique et de sa nombreuse - et diverse - descendance.

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