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Située au coeur de l'Europe, la Franche-Comté a subi au dix-septième siècle la terrible épreuve de la guerre de Trente ans avec la perte de la moitié de sa population. Elle sera repeuplée par une immigration française, savoyarde, lorraine et suisse. Province autonome faisant partie de l'empire des Habsbourg, sa constitution politique repose sur trois fondements : la succession héréditaire, le principe de catholicité et le libre consentement à l'impôt. À chaque nouveau règne, un échange solennel de serments entre les représentants du souverain et les États de la province scelle les engagements réciproques. L'archevêque de Besançon et la cité de Besançon siègent à la diète d'Empire, qui se réunit à cette époque à Ratisbonne. Besançon et la Franche-Comté sont en relation permanente avec les centres de pouvoir de Madrid, de Bruxelles, de Vienne et de Rome. Seule sur le territoire de la France actuelle avec les États pontificaux d'Avignon, la Franche-Comté dispose d'un inquisiteur de la foi de plein exercice. Terre de contradictions, elle est à la fois la patrie d'Henri Boguet, qui s'est illustré dans la répression de la sorcellerie, et celle du médecin bisontin Ferdinand Bouvot, dont la critique des procès de sorcellerie entraînera leur disparition.

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